История компании «ЖелДорЭкспедиция» началась в апреле 1995 года с образования ООО «ЖелДорЭкспедиция» в городе Москве.

К 1996 году были открыты первые представительства компании в Новосибирске и в Иркутске. В том же году компания начала формировать собственный парк вагонов и выстраивать отношения с ОАО «РЖД».

В октябре 2004 года было введено в эксплуатацию вагоноремонтное депо в Александрове, выполняющее все виды ремонтов подвижного состава.

На первом этапе созданная сеть филиалов-представительств компании обслуживала железнодорожные грузоперевозки по основному транспортному коридору – Транссибу.

Но уже с 2005 года началось дальнейшее расширение присутствия компании на Юге и Европейской части России, а также развитие магистральных автомобильных перевозок.

В 2009 году была создана Управляющая компания «ЖелДорЭкспедиция», в рамках которой осуществляется общая система управления, координации и обеспечения единых требований и подходов к качеству предоставляемых услуг.

Тогда же в компании был открыт единый информационный центр для своевременного и качественного приёма и обработки потока входящих вызовов.

В 2010 году запущен в промышленную эксплуатацию многофункциональный грузовой терминал класса «А» в городе Новосибирске.